ヨラン・ペールゼンが組織した特殊部隊「レッドショルダー」にキリコ・キュービィーが配属される。

レッドショルダーを除隊したキリコは生存不可能と思われる過酷な戦場へと送り込まれる。

戦争終結間際、謎の作戦に従事したキリコはカプセルの中にいるフィアナを発見する。

バニラ、ゴウト、ココナと出会う。

ウド、脱出。

ペールゼンへの復讐を考えるレッドショルダーの残党とコンタクト。

内戦の続くクメンで革命軍に参加する。

クメンを脱出したキリコとフィアナは謎の宇宙船に囚われる。

「神」としてアストラギウス銀河に君臨するワイズマンと対峙する。

バララント製パーフェクトソルジャー、ニーバと戦う。

フィアナとともにコールドスリープ。

コールドスリープカプセルが回収され、宗教結社マーティアル教団と接触する。

結婚し子供にも恵まれたバニラとココナの前に姿を見せるが、姿を消す。

姿を消したキリコを追ってバニラとココナは思い出の地を巡る旅を始める。そこにはキリコを追う謎の存在も……